Gần đây, phía Nhật Bản lại liên tục phát hiện nhiều loại hàng thủy sản có dư lượng kháng sinh bị cấm. VASEP cho biết, có nhiều nguyên nhân dẫn đến việc các lô hàng bị phát hiện có dư lượng kháng sinh. Hiện nghề chế biến thủy sản phát triển nhanh, nhưng nhiều khâu còn yếu như: vùng nuôi trồng còn nhỏ, khó quản lý; tàu cá, cảng cá chưa được đầu tư, dùng quá nhiều loại tàu nhỏ; khâu lưu thông, vận chuyển lại giao thẳng cho thương lái, nghiêm trọng hơn là ý thức về vệ sinh an toàn thực phẩm của người nuôi trồng còn kém.
Sau khi nhận được lời cảnh báo vào năm 2006, Bộ Thủy sản đã cho công khai tên các doanh nghiệp trên các phương tiện truyền thông, tuy nhiên chỉ ở mức độ cảnh cáo, răn đe, không hiệu quả.
Chỉ trong vòng chưa đầy một năm, ngành thủy sản VN đã liên tục nhận được những cảnh báo từ thị trường châu Âu, Mỹ, Nga và nay là Nhật Bản, thị trường đứng thứ hai trong 8 thị trường xuất khẩu chính của thủy sản VN năm 2007, chỉ đứng sau EU.
