- Phụ trách các lĩnh vực: Nguồn lợi, bảo tồn, môi trường và nuôi biển; Thông tin, xuất bản; Hợp tác quốc tế; Hợp tác với các cơ quan Trung ương, địa phương, doanh nghiệp, cơ sở sản xuất, ngư dân, người dân lĩnh vực nguồn lợi, bảo tồn, môi trường và nuôi biển các tỉnh phía Nam;

- Trực tiếp chỉ đạo hoạt động của các đơn vị: Phòng nghiên cứu nguồn lợi và bảo tồn biển (trong đó có Phòng thí nghiệm); sinh hoạt tại Phòng nghiên cứu nguồn lợi và bảo tồn biển;