Gần đây, nguồn lợi biển đã và đang được khai thác sử dụng với cường độ ngày càng cao góp phần làm tăng trưởng nền kinh tế đất nước ở mức 8-9% (GDP).

Bên cạnh những lợi ích thu được từ việc khai thác, sử dụng nguồn lợi biển, các hoạt động của con người đã gây ra rất nhiều tác động đối với tài nguyên và môi trường biển, đặc biệt đới bờ biển. Tại đây, chúng ta đang phải đương đầu với những vấn đề về sự suy thoái của nguồn lợi tự nhiên và môi trường. Sau đây có thể nêu một số tác động chính:

- Khai thác quá mức và không hợp lý: Theo thống kê của Bộ Thuỷ sản, nhiều năm gần đây sản lượng khai thác cá biển hàng năm ở nước ta có tăng nhưng điều đáng chú ý là năng suất đánh bắt một số nghề bị giảm sút, nhất là các loại nghề hoạt động ven bờ độ sâu dưới 30 m nước trở vào. Sản lượng khai thác các loại hải sản chưa đến tuổi trưởng thành chiếm khá cao, đặc biệt đối với một số loài tôm cá, nhuyễn thể có giá trị xuất khẩu. Một số loài sinh vật quý hiếm như dugong, rùa biển cũng bị khai thác làm thực phẩm. Việc buôn bán các hàng mỹ nghệ từ hải sản phát triển ở các trung tâm du lịch (Hạ Long, Nha Trang, Cà Ná...) là nguyên nhân dẫn đến làm cạn kiệt một số loài san hô cảnh, trai ốc, tôm hùm và đồi mồi. Việc buôn bán cá cảnh biển phát triển mạnh ở Nha Trang, Vũng Tàu, thành phố Hồ Chí Minh... kéo theo việc đánh bắt quá mức cá trên các rạn san hô miền trung... Nhìn trung sự khai thác quá mức và không hợp lý ở vùng biển ven bờ đang là mối đe doạ lớn cho nhiều loài sinh vật biển, đó cũng là nguyên nhân làm mất cân bằng tự nhiên của các quần xã sinh vật biển ven bờ.

- Đánh cá huỷ diệt: Việc sử dụng các loại nghề, công cụ đánh bắt cá tôm có tính huỷ diệt hoặc ảnh hưởng rất lớn đến khả năng phục hồi quần đàn còn đang phổ biến ở nhiều nơi như dùng chất nổ, xung điện, chất độc, các nghề te, xiệp, đăng đáy...phát triển quá mức ở vùg ven bờ cửa sông.

- Phá huỷ nơi cư trú: Phá rừng ngập mặn bừa bãi để nuôi tôm với tốc độ 2,3%năm, phá huỷ các rạn san hô, các thảm cỏ biển, các vùng triều lầy...

- Ô nhiễm môi trường nước do chất thải của tàu thuyền, chất thải công nghiệp, dầu khí, thuốc trừ sâu, diệt cỏ trong nông nghiệp,...cũng là nguyên nhân làm suy giảm nguồn lợi hải sản ven bờ.

Để bảo vệ tính đa dạng sinh học và môi trường biển, cho tới nay Nhà nước đã ban hành nhiều văn bản pháp quy để thực hiện việc quản lý vĩ mô nghề cá biển Việt Nam. Đáng chú ý nhất là việc ban hành "Phát lệnh bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản" (25/4/1989) và việc thành lập "Cục bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản" (20/4/1991) để thực hiện chức năng quản lý Nhà nước bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản. "Luật bảo vệ môi trường" cũng đặc biệt nhấn mạnh đến bảo tồn các hệ sinh thái và nghiêm cấm các hành động gây ảnh hưởng xấu đến môi trường. Bên cạnh việc ban hành luật, Nhà nước cũng đã xây dựng "chiến lược kinh tế biển", "Việt Nam - kế hoạch quốc gia về môi trường và phát triển lâu bền 1991-2000", "Chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của ngành thuỷ sản giai đoạn 1991-2000", trong đó đều có chú trọng vấn đề bảo vệ môi trường và nguồn lợi thuỷ sản. Chúng ta cũng xây dựng "Chương trình bảo vệ đa dạng sinh học (BAP)" cho cả trên rừng và dưới biển. Tuy vậy, cho tới nay chúng ta cũng chưa xây dựng được một khu bảo tồn thiên nhiên biển theo đúng nghĩa cuả nó. Vườn Quốc gia Cát Bà và Côn Đảo được thành lập trước hết để bảo vệ các đối tương trên rừng, các đối tượng biển còn ít được quan tâm. Trong điều kiện hiện nay khi nhu cầu thiết yếu của cuộc sống còn thiếu thốn., trình độ dân trí còn thấp, kỹ thuật khai thác còn lạc hậu thì nguồn lợi hải sản và các hệ sinh thái biển tiêu biểu còn bị suy thoái là điều không thể tránh khỏi. Chính vì vậy, việc nhanh chóng xây dựng khu bảo tồn thiên nhiên biển là một yêu cầu bức thiết. Các khu bảo tồn biển không chỉ có chức năng bảo vệ dạng sinh học, giữ cân bằng sinh thái mà còn có ý nghĩa lớn cho việc phát triển kinh tế lâu bền, nghiên cứu khoa học, giáo dục cộng đồng, giải trí và du lịch sinh thái. Ngoài ra việc thiết lập các khu bảo tồn biển có ý nghĩa pháp lý, góp thêm cơ sở là bằng chứng bảo vệ chủ quyền của Việt Nam trong phạm vi vùng biển đặc quyền kinh tế. Đó là những khía cạnh quan trọng của vấn đề môi trường xuyên biên giới trong vùng biển đông mà các nước trong khu vực quan tâm.